الانتاج العلمى للدكتور محمد عمارة غزير ومنه ان حقق لأبرز أعلام اليقظة الفكرية الإسلامية الحديثة مثل: جمال الدين الأفغاني ،ومحمد عبده ،وعبد الرحمن الكواكبي . ألف كتبا ودراسات عن أعلام التجديد الإسلامي مثل : الدكتور عبد الرزاق السنهوري باشا،والشيخ محمد الغزالي ،ورشيد رضا ،وخير الدين التونسي ،وأبو الأعلى المودودي، وسيد قطب ،وحسن البنا. ومن أعلام الصحابة مثل: علي بن أبي طالب. كما كتب عن تيارات الفكر الإسلامي القديمة والحديثة وعن أعلام التراث من مثل غيلان الدمشقي، والامام الحسن البصري.

ومن أواخر مؤلفاته في الفكر الحديث: الخطاب الديني بين التجديد الإسلامي والتبديل الأمريكي، والغرب والإسلام  أين الخطأ ..وأين الصواب؟ ،ومقالات الغلو الديني واللاديني، والشريعة الإسلامية والعلمانية الغربية ،وكتاب مستقبلنا بين التجديد الإسلامي والحداثة الغربية ، أزمة الفكر الإسلامي الحديث، والإبداع الفكري والخصوصية الحضارية، وغيرها كثير. وقد أسهم في العديد من الدوريات الفكرية المتخصصة، وشارك في العديد من الندوات والمؤتمرات العلمية ،ونال عضوية عدد من المؤسسات الفكرية والبحثية منها المجلس الأعلى للشئون الإسلامية، والمعهد العالي للفكر الإسلامي. وقد اتسمت كتابات الدكتور عمارة وأبحاثه التي أثرى بها المكتبة العربية والتي وصلت إلى (200) مؤلفا بوجهات نظر تجديدية وإحيائية،والإسهام في المشكلات الفكرية ،ومحاولة تقديم مشروع حضاري نهضوي للأمة العربية والإسلامية في المرحلة التي تعيش فيها.